Wissenschaftler kombinieren multiple, unabhängige Evidenzlinien für robuste phylogenetische Bäume:
- Vergleichende Morphologie: Anatomie, Körperbaupläne, Homologien.
- Paläontologie: Fossilien dokumentieren Übergangsformen und zeitliche Abfolge.
- Molekularbiologie/Genetik: DNA-Sequenzen, Proteinsequenzen, molekulare Uhren.
- Entwicklungsbiologie: Embryonale Entwicklung (Evo-Devo), konservierte Genregulationsnetzwerke.
- Verhalten & Ökologie: Gemeinsame Verhaltensmuster, Nischenanpassungen.
- Biogeografie: Verbreitungsmuster, Vicarianz, Dispersal.
- Zytogenetik: Chromosomenzahlen, Bandenmuster, Genome-Struktur.
- Hybridisierung/Reproduktive Kompatibilität: Fähigkeit, fruchtbare Nachkommen zu zeugen.
- Paläogenomik: Alte DNA aus Fossilien (z. B. Neandertaler, Mammut).
Methoden: Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference. Kongruenz zwischen Datenquellen erhöht die Konfidenz.