Massachusetts ist ein relativ kleiner Staat, hat dennoch große Gebiete von natürlichem Lebensraum, die zahlreiche Pflanzen- und Tierarten unterstützen. Es ist die Heimat von 31 gefährdeten Tierarten, mit weiteren 15, die als bedroht gelistet sind. Diese Arten wurden oft durch Umwelt- und Lebensraumveränderungen beeinträchtigt, und in einigen Fällen hat die Jagd die Zahlen dezimiert.
Vögel und Säugetiere
Massachusetts ist die Heimat von 12 gefährdeten Vogelarten und weiteren sechs, die als bedroht gelten. Zu den gefährdeten Arten gehören der Weißkopfseeadler, der Wanderfalke, die Amerikanische Rohrdommel, der Uferschnepfe und der Kurzohreule. Die bedrohten Arten des Staates umfassen die Langohreule, den Wachtelkönig, den Sumpfohreule und den Vespersperling. Nur eines der Landtiere des Staates ist derzeit gefährdet, die Indiana-Myotis-Fledermaus, die aufgrund von Überflutungen von Höhlenquartieren und menschlicher Einmischung einen ernsthaften Populationsrückgang verzeichnet hat.
Fische
Der Staat ist die Heimat von vier gefährdeten Fischarten, von denen zwei meist im Ozean leben, aber die Wasserwege von Massachusetts zum Laichen nutzen. Der Kurzstör und der Atlantikstör laichen beide in den Flüssen des Staates und sind durch den Dammbau an diesen Wasserwegen beeinträchtigt. Die anderen zwei gefährdeten Fische sind der Seesaibling und der Rotbauch-Dace, die beide durch Verschmutzung und die Umleitung von Bächen für die Landwirtschaft beeinträchtigt werden. Der Amerikanische Neunauge und der Dreistachlige Stichling gelten beide als bedroht im Staat.
Reptilien und Amphibien
In Massachusetts sind zwei Schildkrötenarten gefährdet: die Moorschildkröte und die Nördliche Rotbauch-Schildkröte. Die Emyschildkröte und die Diamant-Rückenschildkröte sind beide als bedroht gelistet. Drei der Schlangenarten des Staates sind gefährdet, von denen zwei giftig sind. Die Kupferotter und die Holzklapperschlange sind gefährdet, ebenso wie die nicht giftige Östliche Rattennatter. Die Östliche Blindschleiche wird im Staat als bedroht gelistet. Die meisten Amphibienarten von Massachusetts sind sicher, außer der Marmorsalamander und der Östliche Knoblauchkröte, die beide als bedroht gelten.
Ozeanische Arten
Obwohl sie keine ganzjährigen Bewohner sind, sind neun ozeanische Arten gesetzlich im Staat geschützt und gelten als gefährdet. Sechs Walarten, die durch die Küstengewässer des Staates wandern, sind geschützt: der Pottwal, der Finnwal, der Seiwal, der Blauwal, der Buckelwal und der Nordkaperwal. Drei Meeresschildkrötenarten sind ebenfalls nach Landesrecht geschützt. Es sind die Karettschildkröte, die Ridley-Schildkröte und die Lederschildkröte. Die Unechte Karettschildkröte und die Grüne Meeresschildkröte gelten in den Küstengewässern des Staates als bedroht.