Das Gesicht des Harpyienadlers ist beeindruckend und furchteinflößend. Er hat durchdringend gelbe Augen und einen kräftigen, schwarzen Hakenschnabel. Die Wachshaut um die Nasenlöcher ist leuchtend gelb, die Haut um die Augen tiefschwarz. Lange schwarze Federn erstrecken sich an den Seiten von Kopf und Hals.
Der Vogel besitzt zudem einen prominenten Schopf auf dem Kopf, den er aufrichten oder senken kann. Insgesamt spiegelt das Gesicht den Status des Harpyienadlers als einer der mächtigsten Greifvögel der Welt wider.