Der Philippinenadler jagt hauptsächlich Flughunde (Colugos), Eichhörnchen, Affen und andere kleine bis mittelgroße Waldsäugetiere. Spezifische Beute umfasst riesige Flughörnchen und Philippinenmakaken. Gelegentlich jagen sie Ratten, Fledermäuse und andere kleine Säugetiere. Als Spitzenprädatoren haben sie keine natürlichen Feinde und nutzen kräftige Krallen, um Beute effizient zu fangen.