Weißkopfseeadler sind Heterotrophe. Das bedeutet, sie beziehen Energie und Nährstoffe durch den Verzehr anderer Organismen, statt eigene Nahrung zu produzieren.
Als Fleischfresser ernähren sich Weißkopfseeadler hauptsächlich von tierischer Nahrung wie Fischen, kleinen Säugetieren und Vögeln.