Männliche und weibliche Schachtelschildkröten sehen sich sehr ähnlich. Wie viele Reptilien und Amphibien sind ihre Geschlechtsorgane nicht deutlich sichtbar, was die Geschlechtsbestimmung für ungeübte Beobachter erschwert. Andere unterscheidende Merkmale lassen sich jedoch oft an Körperfarbe, Augen, Panzer, Krallen und Schwanz erkennen, sodass das Geschlecht Ihrer Schachtelschildkröte genau bestimmt werden kann.
Körperfarbe
Wie viele andere Tiere ist das männliche Schachtelschildkröten oft farbenfroher als das weibliche. Dies gilt besonders für die Markierungen am Kopf und an den Vorderbeinen der Schildkröte. Ist Ihre Schildkröte überwiegend in einem matten Braun gehalten, möglicherweise mit stumpfen gelben oder orangen Markierungen, handelt es sich wahrscheinlich um ein Weibchen. Hat Ihre Schildkröte hingegen zahlreiche leuchtend orange, gelbe, schwarze oder weiße Markierungen am Kopf oder an den Beinen, könnte es ein Männchen sein. Seien Sie jedoch vorsichtig bei dieser Methode. Manchmal sind die Unterschiede subtil.
Augen
Die Augen einer Schildkröte sind oft eine der einfachsten Möglichkeiten, Hinweise auf ihr Geschlecht zu erhalten. Weibliche Schachtelschildkröten haben im reifen Alter meist dunkelbraune oder orangebraune Augen. Männchen hingegen haben oft rote oder tieforange Augen.
Panzer
Der Panzer einer Schildkröte besteht aus zwei Teilen: dem oberen Carapax und dem unteren Plastron. Beide Hälften unterscheiden sich leicht nach Geschlecht. Der Carapax des Männchens ist in der Regel flacher als der des Weibchens. Während das Weibchenpanzer eher einer Halbkugel ähnelt, ist der Männchenpanzer eher wie eine Halbelliptik geformt. Das Plastron des Männchens kann zudem einen konkaven Bereich aufweisen, während das Plastron des Weibchens immer flach ist.
Krallen
Die Hinterkrallen der östlichen und westlichen Schachtelschildkröten unterscheiden sich nach Geschlecht. Die Krallen eines Männchens sind dicker als die eines Weibchens und gekrümmt. Die Krallen eines Weibchens sind hingegen relativ dünn und gerade.
Schwanz
Auch der Schwanz einer Schachtelschildkröte verrät einiges. Ein männliche Schachtelschildkröte hat in der Regel einen längeren Schwanz als ein Weibchen. Dieser ist zudem an der Basis dicker, und die Kloake liegt weiter zur Spitze hin, außerhalb des Panzerrands. Im Gegensatz dazu liegt bei einem Weibchen die Kloake normalerweise innerhalb des Panzerrands, nahe am Körper.