Der Hauptgrund, warum Atlantische Störe gefährdet sind, ist Überfischung. Sie wurden seit Jahrhunderten wegen ihres Fleisches und Kaviar befischt, was zu erheblichen Populationsrückgängen führte. Weitere mitverursachende Faktoren sind Lebensraumverlust und -degradation, Umweltverschmutzung und Beifang.