Der Schwarzfußfrettchen ist ein obligater Karnivor, was bedeutet, dass es Fleisch essen muss, um zu überleben. Seine Hauptnahrungsquelle sind junge Präriehunde, aber es kann auch andere kleine Tiere fressen wie Erdhörnchen, Taschenratten, Kängururatten und Mäuse. Da Schwarzfußfrettchen jagen, indem sie in Präriehundbaue eindringen, sind ihre Ernährungen stark von der Lage und Verfügbarkeit von Präriehunden abhängig.