Der wissenschaftliche Name für das Schnabeltier ist Ornithorhynchus anatinus. Der Gattungsname Ornithorhynchus leitet sich von den griechischen Wörtern ὄρνις (ornis), was „Vogel“ bedeutet, und ῥύγχος (rhynchos), was „Schnabel“ bedeutet, ab, in Bezug auf den einzigartigen entenartigen Schnabel des Schnabeltiers. Der Artname anatinus leitet sich vom lateinischen Wort anas ab, was „Ente“ bedeutet, wiederum in Bezug auf die Ähnlichkeit des Schnabeltiers mit einer Ente.
Daher wird das Schnabeltier als Mitglied der Familie Ornithorhynchidae basierend auf seinem wissenschaftlichen Namen klassifiziert. Die Familie Ornithorhynchidae gilt auch als die einzige rezent existierende Familie in der Säugetierordnung Monotremata, wodurch das Schnabeltier ein Monotom ist, zusammen mit dem Langschnabeligel (Zaglossus) und dem Kurzschnabeligel (Tachyglossus).