Weißkopfseeadler fressen hauptsächlich Fische, Enten, Kaninchen, Nagetiere und Aas. Als Spitzenprädatoren stehen sie an der Spitze der Nahrungskette, können aber gelegentlich Beute sein von:
- Anderen Greifvögeln, z. B. Virginia-Uhu (besonders an Nestern)
- Bären
- Wölfen
- Menschen durch Bejagung oder Habitatzerstörung