Schwarzfliegen spielen ökologische Rollen im Nährstoffkreislauf und Zersetzung als Larven, und als Erwachsene wirken sie als Bestäuber. Sie sind auch eine Nahrungsquelle für Vögel, Fledermäuse, Spinnen und andere Insekten. Einige Arten können Krankheiten wie Flussblindheit übertragen, obwohl die meisten Schwarzfliegenarten keine Krankheitsüberträger sind.
Sie werden auch als Studienmodelle in Genetik, Verhalten, Evolution und Ökologie verwendet.