Fledermäuse und Vögel sind nicht eng verwandt. Beide sind Wirbeltiere und Amnioten, aber darüber hinaus sind sie recht unterschiedlich.
Vögel gehören zur Klasse Aves, gekennzeichnet durch Federn, Schnäbel und Flügel. Fledermäuse gehören zur Ordnung Chiroptera innerhalb der Klasse Mammalia und sind die einzigen Säugetiere, die zu aktivem Flug fähig sind.
Fledermäuse und Vögel teilen einen entfernten gemeinsamen Vorfahren namens Synapsid, der vor etwa 300 Millionen Jahren existierte. Von diesem Vorfahren verzweigten sich zwei Zweige: Synapsiden, die sich zu Säugetieren entwickelten, und Sauropsiden, die Reptilien und Vögel hervorbrachten.
Über Millionen von Jahren haben Fledermäuse und Vögel erhebliche Unterschiede in Anatomie, Physiologie und Verhalten entwickelt.