Shetland Sheepdogs sind im Allgemeinen gesund, neigen jedoch zu bestimmten erblichen Erkrankungen, einschließlich Collie Eye Anomaly, Progressiver Netzhautatrophie, Hüft- und Ellbogendysplasie, IVDD, Epilepsie und Hypothyreose.
Weitere Bedenken sind Allergien, Hautprobleme, Adipositas und Zahnprobleme. Regelmäßige tierärztliche Untersuchungen, verantwortungsvolle Zucht und präventive Pflege sind unerlässlich für ein langes, gesundes Leben.