Meerschweinchen stammen, trotz ihres Namens, nicht aus Guinea. Sie sind in den Anden Südamerikas beheimatet, speziell in einer Region, die Teile von Peru, Ecuador, Kolumbien und Bolivien umfasst.
Ihr ursprünglicher Name war „Cuy“ in der Quechua-Sprache, der Sprache der indigenen Menschen in der Andenregion.
Sie wurden von indigenen Menschen seit Tausenden von Jahren domestiziert, hauptsächlich wegen ihres Fleisches und Fells. Sie wurden erst im 16. Jahrhundert von europäischen Entdeckern nach Europa gebracht, wo sie aufgrund ihrer Ähnlichkeit mit dem südamerikanischen Nagetier namens „Cavy“ zunächst „Meerschweinchen“ genannt wurden. Der Name „Meerschweinchen“ rührt wahrscheinlich daher, dass sie ursprünglich von Guinea, Westafrika, exportiert wurden, obwohl sie dort nie heimisch waren.