Seeotter stehen vor mehreren bedeutenden Bedrohungen:
Orca-Prädation: Orcas sind die primären Fressfeinde von Seeottern und können in einigen Gebieten bis zu 20 Prozent der Seeottersterblichkeit ausmachen.
Krankheiten: Seeotter sind anfällig für bakterielle Infektionen, virale Infektionen und Parasiten, von denen einige tödlich sein können, besonders für junge Tiere.
Verhungern: Seeotter verlassen sich auf Tang und andere wirbellose Meerestiere als Nahrung. Wenn ihr Nahrungsvorrat erschöpft ist, können sie verhungern.
Menschliche Aktivitäten: Seeotter können durch Erschießen, Ertrinken oder Verfangen in Fischereigeräten getötet werden.