Das männliche Seepferdchen befruchtet die Eier, indem es Sperma über sie abgibt. Die befruchteten Eier werden dann in den Brutsack des Männchens übertragen, wo sie getragen und geschützt werden, bis sie schlüpfen.
Das männliche Seepferdchen trägt die Eier bis zu mehreren Wochen, abhängig von der Art. Während dieser Zeit versorgt er die Eier mit Sauerstoff und Nährstoffen und schützt sie vor Fressfeinden. Sobald die Eier schlüpfen, werden die jungen Seepferdchen ins Wasser entlassen.