Seepocken sind Filtrierer, was bedeutet, dass sie sich ernähren, indem sie Nahrungspartikel einfangen, die in der Wassersäule schweben. Sie nutzen ihre Cirren, um Wasser zu filtern und Nahrungspartikel wie Kieselalgen, Ruderfußkrebse und anderes kleines Zooplankton zu entfernen. Einige Seepocken können auch omnivor sein und ihre Ernährung mit kleinen Sedimentpartikeln oder organischer Materie ergänzen.