Die Körpertemperatur eines Zwergseepferdchens entspricht der Temperatur des umgebenden Wassers. Wie die meisten Fische können Zwergseepferdchen ihre eigene Körpertemperatur nicht regulieren und sind vollständig von ihrer Umwelt abhängig.
Da sie keine unabhängige Temperaturkontrolle haben, schwankt ihre Körperwärme mit dem Meereslebensraum um sie herum. Wenn das Wasser wärmer oder kälter wird, wird es auch das Seepferdchen.