Nadelrohrfische werden von größeren Fischen wie Zackenbarschen, Schnappern und Haien gefressen, sowie von Seevögeln, Meeressäugern und großen Krebstieren.
Die konkreten Fressfeinde variieren je nach Standort und Größe des Nadelrohrfisches. Nadelrohrfische nutzen Tarnung und schnelles Davonschießen zur Flucht.