Die wichtigsten Fressfeinde des Schnabeltiers sind Süßwasserkrokodile, Warane, Wasserratten, Schlangen und mächtige Eulen. In einigen Gebieten können auch Füchse, Dingos und Katzen Schnabeltiere erbeuten, besonders dort, wo diese Tiere eingeführt wurden oder Schnabeltierpopulationen geringer sind.
In Regionen mit höheren Schnabeltierkonzentrationen, wie der Ostküste Australiens, stellen Warane, Süßwasserkrokodile und große Schlangen die größte Bedrohung dar.