Genaue Zahlen sind schwer zu ermitteln, da Jagd- und Handelsstatistiken oft lückenhaft sind und Jaguare riesige, abgelegene Gebiete bewohnen.
Die IUCN stuft Jaguare als „potenziell gefährdet“ ein; Wilderei ist in manchen Regionen eine Haupttodesursache. Schätzungen gehen von hunderten bis tausenden getöteten Tieren pro Jahr aus. Eine Studie 2013 im brasilianischen Amazonas schätzte ca. 2.000 Jaguare jährlich durch Jagd und Mensch-Wildtier-Konflikte.
Nachfrage nach Fellen, Zähnen und anderen Körperteilen – besonders auf asiatischen Märkten für traditionelle Medizin und Schmuck – treibt den illegalen Handel an. Naturschutzorganisationen und Regierungen bekämpfen Wilderei, doch riesige Lebensräume und hohe Preise erschweren die Durchsetzung.