Trotz hoher Besiedlungsdichte beherbergt Deutschland mehrere seltene Tierarten:
Säugetiere
* Wisent (Europäischer Bison): Wiederangesiedelt z. B. im Nationalpark Eifel.
* Wolf: Kehrt in Ostdeutschland zurück, besonders Lausitz.
* Luchs: Erholt sich in Bayerischen Alpen und Waldgebieten.
* Biber: Besiedelt Flüsse wie den Rhein zurück.
* Wildkatze: In Bayerischem Wald und Schwäbischer Alb.
Vögel
* Seeadler: Erholt sich im Ostseeraum.
* Schwarzstorch: In ungestörten Wäldern und Feuchtgebieten.
* Steinadler: Selten, in Bayerischen Alpen und Harz.
* Seeadler (Küstengebiete): An Küsten.
* Auerhuhn: In Bayerischen Alpen und Harz.
Reptilien und Amphibien
* Europäische Sumpfschildkröte: In isolierten Teichen/Seen.
* Feuersalamander: In feuchten Wäldern häufig.
* Schlingnatter: In Grasland und Wiesen.
Fische
* Huchen: Große Donau-Forelle.
* Europäischer Aal: Kritisch gefährdet, wandert zum Laichen ins Sargassomeer.
Insekten
* Segelfalter (Scarce Swallowtail): Auf spezifische Habitate beschränkt.
* Hirschkäfer: Geschützte Art.
Sonstige
* Große Flussmuschel: In Flüssen und Bächen.
Deutschland hat Nationalparks, Schutzgebiete, Wiederansiedlungsprogramme zur Arterholung.