Lebensraumverlust und -fragmentierung: Wälder werden für Holzfällerei, Landwirtschaft und Entwicklung gerodet, wodurch Nahrung und Schutz zerstört und die Anfälligkeit für Jagd erhöht wird.
Jagd und Wilderei: Gejagt wegen Fleisch, Haut und Geweih. Schwache Durchsetzung und Wilderei für lokale Märkte sind große Probleme.
Krankheiten: Anfällig für eingeführte und endemische Krankheiten, einschließlich Maul- und Klauenseuche, die schwere Erkrankungen und Tod verursachen können.
Konkurrenz mit anderen Arten: Eingeführte Hirscharten wie Rusahirsche und Sikahirsche konkurrieren um Nahrung und Lebensraum und können Krankheiten übertragen.
Die Population des Philippinenhirsches nimmt rapide ab. Wenn keine wirksamen Schutzmaßnahmen ergriffen werden, wird er wahrscheinlich in freier Wildbahn aussterben.