Blauhäher atmen wie alle Vögel mit Lungen und Luftsäcken. Die Luft gelangt durch kleine Öffnungen namens Nasenlöcher am Schnabel in ein System aus Lungen und Luftsäcken, das Sauerstoff effizient austauscht.
Im Gegensatz zu Säugetieren besitzen Vögel kein Zwerchfell. Stattdessen helfen Bewegungen des Brustkorbs und der Rippen, die Luft durch das Atemsystem zu bewegen, sodass Blauhäher den hohen Sauerstoffbedarf des Fluges decken können.