Das Geschlecht von Weißkopfseeadlern lässt sich nicht zuverlässig anhand körperlicher Merkmale bestimmen, es sei denn, man vergleicht zwei Individuen nebeneinander, da Weibchen tendenziell etwas größer sind als Männchen. Adulte Männchen und Weibchen haben ähnliche Größe, Färbung, Zeichnungen und Lautäußerungen.
Eine genaue Methode ist Gentest oder molekulares Geschlechtsbestimmung, die die DNA des Vogels analysiert, um Marker zu identifizieren, die Männchen von Weibchen unterscheiden.