Die Hauptfeinde des Fischadlers sind andere Greifvögel wie Habichte und gelegentlich Menschen. Aufgrund seiner Größe und Wendigkeit ist der Fischadler meist gut gerüstet, sein Revier zu verteidigen.
Wie viele Greifvögel verfügt der Fischadler über scharfe Augen und Jagdanpassungen, die potenzielle Gegner in Schach halten.