Weißkopfseeadler erzeugen verschiedene Vocalisierungen, darunter hohe Pfeiftöne, Zwitscherlaute und kichernde Rufe. Diese dienen der Kommunikation zwischen Partnern, Warnung vor Rivalen und Interaktion mit Jungen.
Entgegen filmischer Darstellungen ist der Ruf des Weißkopfseeadlers kein lauter, dramatischer Schrei; dieser Sound wird oft von anderen Vögeln wie dem Rotschwanzbussard nachsynchronisiert.