Die Brutsaison von Flughunden variiert je nach Art und geografischem Standort. In Indien brütet der Indische Riesenflughund von März bis Mai, während der Große Kurzschwanz-Flughund von August bis November brütet.
Generell zeigen Flughunde Polygynie – Männchen paaren sich mit mehreren Weibchen. Weibchen bringen typischerweise ein einzelnes Jungtier nach einer mehrmonatigen Tragzeit zur Welt. Neugeborene haben geschlossene Augen und sind vollständig auf die Mutter angewiesen für Nahrung und Pflege. Innerhalb weniger Monate lernen sie Fliegen und selbstständige Nahrungssuche, erreichen die Geschlechtsreife mit etwa einem Jahr.
Manche Arten, wie der Strohfarbene Flughund, zeigen synchronisierte Fortpflanzung – große Weibchenzahlen gebären gleichzeitig. Dies gilt als Anpassung, die das Prädationsrisiko für trächtige Weibchen und Jungtiere reduziert.