Natürliche Fressfeinde
Flughunde sind anfällig für Greifvögel wie Adler, Habichte und Eulen, insbesondere junge oder verletzte Fledermäuse. Schlangen wie Pythons können sie in ihren Schlafplätzen überfallen. Affen, Wildkatzen wie Leoparden und Tiger sowie Haus- oder Streunhunde können sie ebenfalls jagen.
Menschliche Bedrohungen
Menschen jagen Flughunde in einigen Regionen als Nahrung, und Lebensraumverlust durch Entwaldung und Entwicklung zerstört ihre Schlaf- und Nahrungsgebiete.
Verteidigung
Flughunde sind nachtaktiv, schlafen in großen Kolonien zum Schutz und können Fressfeinden durch schnellen, wendigen Flug entkommen.