Fressfeinde von Harlekinenten umfassen:
Weißkopfseeadler: Große Greifvögel, die jagen, indem sie über Wasser kreisen und auf Beute stoßen.
Steinadler: Ähnliche Jäger, die typischerweise in gebirgigen Gebieten vorkommen.
Uhus: Große nachtaktive Eulen, die Beute mit scharfen Krallen töten.
Rotfüchse: Besonders während der Brutsaison stehlen sie Eier und junge Enten.
Baummarder: Nesträuber, die Eier und Entenküken nehmen.
Fischer: Nesträuber, die Eier und Entenküken nehmen.