Die Internationale Union für Naturschutz (IUCN) schätzt den Bestand des Malaien-Tapiers auf zwischen 1.400 und 4.500 Individuen. Diese Schätzung basiert jedoch auf begrenzten Daten und spiegelt möglicherweise nicht die wahre Populationsgröße wider.
Der Malai-Tapir gilt als gefährdet aufgrund von Lebensraumverlust, Wilderei und Jagd.