Es ist unzutreffend zu sagen, dass fast alle Meerschweinchen Krankheiten tragen. Wie bei jedem Tier variiert der individuelle Gesundheitszustand. Verantwortungsvolle Pflege, einschließlich Hygiene, Ernährung und tierärztlicher Untersuchungen, reduziert das Krankheitsrisiko.
Häufige Probleme sind Ringelflechte, Harnwegsinfektionen, Skorbut und Zahnprobleme. Nicht alle Meerschweinchen werden diese entwickeln, aber frühe Erkennung ist entscheidend.