Dugonge sind eine gefährdete Art, und ihre Tötung ist in den meisten Ländern illegal. Sie sind bedroht durch Lebensraumverlust, Verfangen in Fischereigeräten, Bootskollisionen, Wilderei und Klimawandel. Natürliche Ursachen sind Beutegreifer und Krankheiten.
Schutzbemühungen konzentrieren sich auf den Schutz ihrer Seegraslebensräume und die Sicherung ihres Überlebens. Organisationen wie der World Wildlife Fund und das Dugong and Seagrass Conservation Project setzen sich für ihren Schutz ein.