Es gibt kein einzelnes Gen, das für alle Fellfarbveränderungen beim Pferd verantwortlich ist. Die Fellfarbe entsteht durch komplexe Interaktionen mehrerer Gene.
Wichtige Gene sind: Extension (schwarzes oder rotes Pigment), Agouti (Pigmentverteilung), Cream (Aufhellung), Dun (Wildzeichen), Champagne (Aufhellung und Augenfarbe), Gray (progressives Ergrauen). Muster-Gene wie Leopard Complex und Sabino erzeugen Scheckung und Raufell.
Das Verständnis der Pferdefellfarbe erfordert die Kenntnis der spezifischen Allelkombinationen jedes Gens. Diese Komplexität macht die Pferdefellfarbgenetik zu einem faszinierenden Forschungsfeld.