Seepferdchen sind Fleischfresser mit einer Ernährung, die hauptsächlich aus folgendem besteht:
- Kleine Krebstiere wie Artemia, Copepoden, Mysis-Garnelen und Amphipoden
- Plankton und andere winzige treibende Organismen
- Kleine Fischlarven
- Gelegentlich kleine Würmer
Seepferdchen sind keine starken Jäger. Sie haben keine Zähne und können nicht kauen. Stattdessen saugen sie mit ihrer Schnauze Beute auf wie ein Staubsauger. Da sie einen hohen Stoffwechsel haben, müssen sie häufig fressen, oft mehrere Male am Tag. In Gefangenschaft werden sie häufig mit lebenden Artemia oder kommerziell erhältlichen Futtermitteln gefüttert.