Seepferdchen gehören zur Familie Syngnathidae, zu der auch Seenadeln und Seeadler gehören. Diese Arten teilen einen gemeinsamen Vorfahren mit Stichlingen – kleine, stachelige Fische, die in Meeres- und Süßwasserumgebungen vorkommen.
Es wird angenommen, dass Stichlinge vor etwa 30 Millionen Jahren entstanden sind, und ihre Nachkommen gaben schließlich den heutigen Seepferdchen, Seenadeln und Seeadlern den Anstoß.