Die Anatomie einer Fledermaus umfasst die Schnauze, Nasenlöcher, Kinn, Philtrum, Lippen, Zähne, Zunge und verschiedene Mundstrukturen wie Gaumen und Zäpfchen. Der Unterkiefer ist das Unterkieferbein.
Fledermäuse haben große Ohren mit Ohrmuscheln, Tragus und Antitragus. Ihre Flügel werden vom Flughaut gebildet und umfassen Unterarm, Oberarm, Speiche, Elle, Karpale, Mittelhandknochen, Fingerglieder und Finger. Die Beine und Füße umfassen die Ferse, das Wurzelbein, Mittelfußknochen und Zehenknochen. Einige Fledermäuse haben auch einen Schwanz aus Wirbeln.