Während braune Augen die häufigste Augenfarbe für deutsche Hirten sind, können sie auch:
* Bernstein Augen: Eine warme, rotbraune Farbe.
* blaue Augen: Weniger verbreitet, aber möglich.
* Heterochromie: Zwei verschiedene farbige Augen haben. Dies ist selten, kann aber in deutschen Hirten auftreten.
Die Farbe der Augen eines deutschen Schäfchens wird durch die Menge an Melanin bestimmt, die in der Iris vorhanden ist. Je mehr Melanin, desto dunkler die Augen.