Der entscheidende Unterschied ist der Salzgehalt (Salinität).
Meeresökosysteme (Ozeane, Meere) weisen einen hohen Salzgehalt auf (durchschnittlich ca. 3,5 % gelöste Salze, ~35 PSU). Süßwasserökosysteme (Seen, Flüsse, Bäche) haben einen sehr geringen Salzgehalt (typischerweise < 0,5 % / < 5 PSU).
Diese physikalisch-chemische Differenz bestimmt grundlegend, welche Organismen leben können, wie osmoregulatorische Mechanismen funktionieren, welche Nährstoffkreisläufe ablaufen und wie die gesamte Gemeinschaftsstruktur (Biozönose) aufgebaut ist.