Seeotter sind mehreren Bedrohungen und Gefahren ausgesetzt:
Fressfeinde: Schwertwale sind ihre primären Fressfeinde und können große Mengen bei einem einzigen Angriff töten. Sie müssen sich auch vor Haien, Bären, Weißkopfseeadlern und sogar anderen Seeottern in Acht nehmen.
Umweltbedrohungen: Umweltverschmutzung und Klimawandel gefährden Seeotter. Ölverschmutzungen können ihr Fell bedecken, die Isolierung zerstören und zu Unterkühlung und Tod führen. Schmelzendes Meereis reduziert den Lebensraum und erhöht die Anfälligkeit gegenüber Fressfeinden.