Seepferdchen sind anfällig für viele Meeresräuber, weil sie schwache Schwimmer sind und keine schützenden Stacheln haben. Ihre wichtigsten Fressfeinde sind:
- Fische wie Thunfisch, Schwertfisch und Makrele.
- Vögel einschließlich Kormoranen, Pelikanen und Möwen.
- Meeressäuger wie Robben und Delfine.
- Krustentiere einschließlich Garnelen und Krabben.
- Kopffüßer wie Tintenfische und Oktopusse.
- Andere Seepferdchen, insbesondere größere Arten, die kleinere erbeuten.