Seekühe leben sowohl in der photischen als auch in der aphotischen Zone. Die photische Zone ist die obere Ozeanschicht, die genügend Sonnenlicht für die Photosynthese erhält, während die aphotische Zone nicht genügend Sonnenlicht erhält.
Seekühe leben in Küstengewässern und Flüssen und können in Tiefen von bis zu 30 Fuß tauchen. Während sie sich möglicherweise in der photischen Zone aufhalten, sind sie nicht darauf beschränkt und können auch in tieferen, aphotischen Gewässern vorkommen.