Arktikseeschwalben bauen keine Unterschlupfe. Sie legen Scharrenester auf offenen, erhöhten und trockenen Orten wie Klippen, kiesigen Stränden, Dächern und dem Boden an. Während der Brutsaison sind Arktikseeschwalben hochgradig territorial und verteidigen ihre Scharrenester und Küken heftig gegen Raubtiere wie Silbermöwen, Trottellummen, Räubermöwen, Falkenmöwen, Skuas und Füchse.