Axiales Skelett
Schädel: Das Schwarzfuß-Frettchen hat einen relativ kleinen, länglichen Schädel mit einem breiten Rostrum und einem ausgeprägten Sagittalkamm.
Unterkiefer: Der Unterkiefer ist robust und umfasst einen hervorragenden Winkelfortsatz.
Wirbelsäule: Die Wirbelsäule besteht aus 7 Hals-, 13 Brust-, 6 Lenden-, 4 Kreuz- und 19 bis 20 Schwanzwirbeln.
Rippen: Es gibt 13 Rippenpaare, wobei die ersten 8 Paare direkt am Brustbein befestigt sind.
Brustbein: Das Brustbein ist länglich und schmal.
Appendikuläres Skelett
Vordergliedmaßen: Die Vordergliedmaßen sind relativ kurz und robust, mit fünf Zeilen an jeder Pfote.
Hintergliedmaßen: Die Hintergliedmaßen sind länger als die Vordergliedmaßen und haben ebenfalls fünf Zehen an jeder Pfote.
Gliedmaßenknochen: Das appendikuläre Skelett umfasst den Oberarmknochen, Speiche, Elle, Oberschenkelknochen, Schienbein und Wadenbein.
Füße: Die Füße sind vergleichsweise breit und weisen halb einziehbare Krallen auf.
Insgesamt ist die Skelettstruktur des Schwarzfuß-Frettchens an seine kleine Größe und sein spezialisiertes Grabverhalten angepasst.