Weißkopfseeadler nutzen wie alle Organismen den Lebensprozess der Ausscheidung, um die Ansammlung von Stoffwechselabfällen zu verhindern. Ausscheidung entfernt Abfallprodukte aus dem Körper.
Die Nieren filtern Harnstoff und Kreatinin aus dem Blutkreislauf und senden Abfälle zur Klauake zur Ausscheidung als Urin. Die Leber entgiftet ebenfalls schädliche Substanzen und produziert Galle, die hilft, Abfälle über den Kot zu eliminieren.