Weißkopfseeadler können an Krankheiten wie Vogelgrippe, West-Nil-Virus und Bleivergiftung sterben. Eier und Jungadler können von Uhus und Steinadlern erbeutet werden. Erwachsene werden selten erbeutet, können aber von größeren Raubtieren getötet werden. Kollisionen mit Stromleitungen und Windkraftanlagen sowie Jagd, Fallenstellung und Lebensraumzerstörung durch Menschen töten ebenfalls Weißkopfseeadler.