Der Philippinenadler hat, wie alle anderen Vögel auch, Lungen als Atmungs-/Atemorgane. Ihr Atmungsprozess beinhaltet den Austausch von Sauerstoff und Kohlendioxid zwischen der sauerstoffreichen Umgebungsluft und dem Blutkreislauf des Adlers. Das Atmungssystem von Vögeln ist hocheffizient und an ihren aktiven, hochenergetischen Lebensstil und die Anforderungen des Fluges angepasst.