Weißkopfseeadler sehen sich folgenden Herausforderungen gegenüber:
- Habitatverlust durch Rodung von Wäldern und Feuchtgebieten
- Klimawandel beeinträchtigt Nahrung und Zug
- Wasserverschmutzung durch Pestizide und Schwermetalle
- Bleivergiftung durch Munition und Angelgerät
- Menschliche Störung an Nestern
- Kollisionen mit Stromleitungen, Windrädern, Gebäuden
- Illegale Verfolgung und Jagd
Schutzmaßnahmen umfassen Habitatsschutz, Regulierungen, Schadstoffkontrolle, Bildung und Monitoring.