Gelbaugenpinguine sehen sich mehreren Bedrohungen ausgesetzt:
- Lebensraumverlust: Küstenbebauung und Entwaldung degradieren Brut- und Nahrungsgebiete.
- Menschliche Störung: Bootsfahrt, Fischerei und Erholung belasten brütende Vögel.
- Prädation: Eingeschleppte Hermeline, Ratten, Hunde und Katzen plündern Nester und töten Pinguine.
- Krankheit: Ausbrüche verbreiten sich schnell in kleinen Populationen mit begrenzter genetischer Vielfalt.
- Klimawandel: steigende Meeresspiegel, Stürme und sich verändernde Strömungen beeinflussen Nahrung und Nistplätze.
- Beifang: Pinguine ertrinken in Fischernetzen.
- Konkurrenz: invasive Arten konkurrieren um Nahrung und Nistraum.
Ihr Schutz erfordert Lebensraumerhaltung, Raubtierkontrolle, Krankheitsmanagement und Klimaschutz.