Harpyienadler sind Spitzenräuber an der Spitze der Nahrungskette. Aufgrund ihrer enormen Größe und ihres starken Fluges haben sie keine natürlichen Feinde außer Menschen. Sie jagen große Vögel, Affen, Faultiere und kleine bis mittelgroße Säugetiere und tragen so zum ökologischen Gleichgewicht in ihren Regenwaldlebensräumen bei.